O principal rio é o Jaguari-Mirim, sempre presente na história, na vida e na geografia de Andradas.Com um cortejo de afluentes, constitui uma grande bacia fluvial, atravessa a parte central do município, no sentido aproximado E W. Seus afluentes nascem nas regiões serranas, e dentre eles citam-se os córregos da Farinha, do Toque, Retirinho, Angola, Cachoeira, Cambuí, Água Espelhada e os ribeirões Pirapetinga, Caracol, Cocais, Prata, São João. Ocupando, um vale aberto entre as serras de São João e a do Bebedouro, o Córrego São João do Grama corre no sentido NE-SW em direção ao Rio Jaguari-Mirim. As várzeas são amplas, a acumulação de argilas é importante e a maioria sofre problemas relacionados com inundações periódicas, adrenar terras, não só de nosso, como de outros municípios. O rio Jaguari-Mirim nasce no Estado de Minas Gerais, precisamente no Morro do Serrote, município de Ibitiura de Minas. Toma a direção Leste-Oeste e, ao entrar no solo paulista, através de Santo Antonio do Jardim, inflete de sudeste para noroeste, atravessando o município, banhando a cidade de São João da Boa Vista. Ao atingir as terra de Vargem Grande do Sul, muda seu rumo novamente, bruscamente, para o sul, servindo como fronteira municipal entre Vargem Grande do Sul e São João da Boa Vista. Caminha serpenteando as terras de Aguaí, para ser mais um tributário do Rio Mogi-Guaçu, pela margem direita. Isto ocorre na região localmente chamada de "Sete Lagoas".
O alto curso do Jaguari-Mirim apresenta muitas quedas ou corredeiras, pois as rochas cristalinas afloram ao longo de sua calha. É um rio de planalto. No entanto, apresenta belos exemplos de meandros, principalmente ao atravessar o município de Andradas. A geomorfologia dá a estes meandros o nome de "meandros encaixados" e são diferentes dos meandros típicos dos rios de planícies, que possuem aspectos e origens diferentes.
Muitas olarias e portos de extração de areia surgiram ao longo das margens do Jaguari-Mirim.
Praticamente, com este material, a cidade de Andradas construiu suas casa e prédios. A população tem usado suas águas para o abastecimento da cidade (COPASA/MG) e fazendo a pesca que já foi, infelizmente, bem maior no passado. Também suas margens e pequenas ilhas serviam, no passado, de aprazíveis locais para lazer, convescotes e mergulhos para os jovens mais afoitos. Apenas alguns locais ainda são usados para natação pelas crianças e jovens de famílias mais humildes. Não podemos deixar de registrar o uso de suas águas para a irrigação da lavoura.
Hoje, o Rio Jaguari-Mirim e seus afluentes pedem socorro. O rio, que fez surgir a cidade, agora está sendo poluído e destruído pela própria cidade, para a qual tanto representa.
